دانلود کتاب Chemoinformatics: An Approach to Virtual Screening (به فارسی: شیمی انفورماتیک: رویکردی به غربالگری مجازی) نوشته شده توسط «Alexandre Varnek – Alexander Tropsha»
اطلاعات کتاب شیمی انفورماتیک: رویکردی به غربالگری مجازی
موضوع اصلی: علم شیمی
نوع: کتاب الکترونیکی
ناشر: Royal Society of Chemistry
نویسنده: Alexandre Varnek – Alexander Tropsha
زبان: English
فرمت کتاب: pdf (قابل تبدیل به سایر فرمت ها)
سال انتشار: 2008
تعداد صفحه: 354
حجم کتاب: 10 مگابایت
کد کتاب: 0854041443 , 978-0-85404-144-2
نوبت چاپ: 1
توضیحات کتاب شیمی انفورماتیک: رویکردی به غربالگری مجازی
این کتاب اولین تک نگاری است که کاربردهای نوآورانه رویکردهای شیمی انفورماتیک کارآمد در راستای هدف غربالگری کتابخانه های شیمیایی بزرگ را خلاصه می کند. تمرکز بر غربالگری مجازی، شیمی‌انفورماتیک را فراتر از مرزهای سنتی آن به‌عنوان یک حوزه تحقیقاتی ترکیبی و تحلیلی داده‌ای، به سمت شناخت آن به‌عنوان یک رشته علمی پیش‌بینی‌کننده و پشتیبان تصمیم‌گیری گسترش می‌دهد. رویکردهای مورد بحث توسط مشارکت کنندگان در تک نگاری بر مفاهیم شیمی انفورماتیک مانند: -بازنمایی مولکول ها با استفاده از توصیفگرهای متعدد ساختارهای شیمیایی تکیه می کنند. -محاسبات شباهت شیمیایی پیشرفته در فضاهای توصیفگر چند بعدی. استفاده از روش های یادگیری ماشینی و داده کاوی پیشرفته برای ساخت مدل های فعالیت ساختاری کمی و پیش بینی. استفاده از روش های شیمی انفورماتیک برای تجزیه و تحلیل شباهت دارو و پیش بینی خواص. – روند در حال ظهور در ترکیب مفاهیم شیمی انفورماتیک و بیوانفورماتیک در کشف دارو مبتنی بر ساختار. فصل‌های کتاب در یک جریان منطقی سازمان‌دهی شده‌اند که یک پروژه شیمی‌انفورماتیک معمولی از آن پیروی می‌کند – از نمایش ساختار و مقایسه تا تجزیه و تحلیل داده‌ها و ساخت مدل تا کاربردهای مدل‌های رابطه ساختار-ویژگی برای شناسایی ضربه و طراحی کتابخانه شیمیایی. این مقاله با مروری بر روش‌های مدرن طراحی کتابخانه ترکیبات آغاز می‌شود و به دنبال آن فصلی به تجزیه و تحلیل شباهت مولکولی اختصاص دارد. چهار بخش غربالگری مجازی را بر اساس استفاده از قطعات مولکولی، فارماکوفورهای دوبعدی و فارماکوفورهای سه بعدی تشریح می‌کنند.
کاربرد فارماکوفورهای فازی برای طراحی کتابخانه‌ها موضوع فصل بعدی است که به دنبال آن فصلی به مطالعات QSAR بر اساس آن می‌پردازد. پارامترهای مولکولی محلی رویکردهای احتمالی مبتنی بر توصیفگرهای دوبعدی در ارزیابی فعالیت‌های بیولوژیکی نیز با مروری بر روش‌ها و نرم‌افزارهای مدرن برای پیش‌بینی ADME شرح داده شده است.
این کتاب با فصلی به پایان می‌رسد که رویکرد جدید کدگذاری مکان‌های اتصال گیرنده را توضیح می‌دهد. و لیگاندهای مربوطه آنها در فضای توصیفگر شیمیایی چندبعدی که جایگزین جالب و کارآمدی برای تکنیک‌های داکینگ و غربالگری سنتی است. رویکردهای مبتنی بر لیگاند، که در کانون توجه این کار قرار دارند، در مقایسه با غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار، از نظر محاسباتی کارآمدتر هستند و کتاب‌های مرتبط با پیشرفت‌های مدرن در این زمینه بسیار کم است. تمرکز بر گسترش تجربیات انباشته شده در حوزه های سنتی تحقیقات شیمی انفورماتیک مانند روابط فعالیت ساختار کمی (QSAR) یا جستجوی شباهت شیمیایی به سمت غربالگری مجازی، موضوع این تک نگاری خواندنی ضروری برای محققان در زمینه کشف دارو به کمک رایانه است. با این حال، به دلیل تمرکز کلی داده‌ها-تحلیلی آن، کاربرد رو به رشدی از رویکردهای شیمی‌انفورماتیک در حوزه‌های متعدد تحقیقات شیمیایی و بیولوژیکی مانند برنامه‌ریزی سنتز، فناوری نانو، پروتئومیکس، شیمی فیزیکی و تحلیلی و ژنومیکس شیمیایی وجود خواهد داشت.
This book is the first monograph that summarizes innovative applications of efficient chemoinformatics approaches towards the goal of screening large chemical libraries. The focus on virtual screening expands chemoinformatics beyond its traditional boundaries as a synthetic and data-analytical area of research towards its recognition as a predictive and decision support scientific discipline. The approaches discussed by the contributors to the monograph rely on chemoinformatics concepts such as: -representation of molecules using multiple descriptors of chemical structures; -advanced chemical similarity calculations in multidimensional descriptor spaces; -the use of advanced machine learning and data mining approaches for building quantitative and predictive structure activity models; -the use of chemoinformatics methodologies for the analysis of drug-likeness and property prediction; -the emerging trend on combining chemoinformatics and bioinformatics concepts in structure based drug discovery. The chapters of the book are organized in a logical flow that a typical chemoinformatics project would follow – from structure representation and comparison to data analysis and model building to applications of structure-property relationship models for hit identification and chemical library design. It opens with the overview of modern methods of compounds library design, followed by a chapter devoted to molecular similarity analysis. Four sections describe virtual screening based on the using of molecular fragments, 2D pharmacophores and 3D pharmacophores.
Application of fuzzy pharmacophores for libraries design is the subject of the next chapter followed by a chapter dealing with QSAR studies based on local molecular parameters. Probabilistic approaches based on 2D descriptors in assessment of biological activities are also described with an overview of the modern methods and software for ADME prediction.
The book ends with a chapter describing the new approach of coding the receptor binding sites and their respective ligands in multidimensional chemical descriptor space that affords an interesting and efficient alternative to traditional docking and screening techniques. Ligand-based approaches, which are in the focus of this work, are more computationally efficient compared to structure-based virtual screening and there are very few books related to modern developments in this field. The focus on extending the experiences accumulated in traditional areas of chemoinformatics research such as Quantitative Structure Activity Relationships (QSAR) or chemical similarity searching towards virtual screening make the theme of this monograph essential reading for researchers in the area of computer-aided drug discovery. However, due to its generic data-analytical focus there will be a growing application of chemoinformatics approaches in multiple areas of chemical and biological research such as synthesis planning, nanotechnology, proteomics, physical and analytical chemistry and chemical genomics.
دانلود کتاب «شیمی انفورماتیک: رویکردی به غربالگری مجازی»
برای دریافت کد تخفیف ۲۰ درصدی این کتاب، ابتدا صفحه اینستاگرام کازرون آنلاین (@kazerun.online ) را دنبال کنید. سپس، کلمه «بلیان» را در دایرکت ارسال کنید تا کد تخفیف به شما ارسال شود.