Методы компьютерной морфометрии в нейроморфологии: учебное пособие: (базовый курс)

ОГЛАВЛЕНИЕ ПРЕДИСЛОВИЕ......................................................................................5 ГЛОССАРИЙ............................................................................................8 РАЗДЕЛ I. Изображение, получаемое с помощью светового микроскопа, его обработка и анализ........................................................................13 Структура и характеристики цифрового изображения.......................14 Этапы анализа изображений в световой микроскопии......................16 Разделение цветовых каналов.............................................................17 Совмещение изображений...................................................................18 Гистограмма изображения...................................................................20 Пространственные фильтры и математические операции с полутоновыми изображениями............................................................20 Сегментация изображения...................................................................21 Примеры логических операций с двоичными изображениями..........23 Функции математической морфологии...............................................24 Количественное описание свойств объектов.....................................26 Калибровка измерительной системы..................................................27 Требования к программам обработки изображений..........................29 РАЗДЕЛ II. Иллюстрированные практические задачи по морфометрии микропрепаратов..................................................................................31 Задача 1. Использование программ анализа изображений для определения линейных размеров объектов.......................................31 Задача 2. Подсчет числа гибнущих нейронов в перифокальной зоне инфаркта мозга.....................................................................................32 Задача 3. Измерение площади тел нейронов и их классификация по размерам...............................................................................................32 Методы компьютерной морфометрии в нейроморфологии Задача 4. Использование мозаики Вороного для оценки пространственного распределения нейронов....................................35 Задача 5. Измерение площади окрашенной ткани в иммуногистохимических реакциях.......................................................35 Задача 6. Вычисление ядерно-цитоплазматического отношения.....38 Задача 7. Использование праметра convex hull и периметра при анализе размеров астроцитов............................................................................39 Задача 8. Использование функции Geodesic Distance для определения длины отростков нейрона.....................................................................39 Задача 9. Применение функции Distance Map «карты расстояний» для оценки взаимного расположения объектов. .......................................42 Задача 10. Подсчет количества перинейрональной глии..................43 Задача 11. Исследование ветвления отростков астроцита..............43 Задача 12. Исследование интенсивности окрашивания при проведении иммуногистохимических реакций.............................46 Задача 13. Использование профиля яркости для определения границ структур на изображении.....................................................................48 Задача 14. Использование факторов формы для классификации нейронов................................................................................................48 Задача 15. Исследование ориентации волокон.................................48 Список дополнительной литературы для изучения...........................52