Brian sequence analysis

Electronic Resources......Page 7 Textbooks......Page 8 Journal sources......Page 9 Logging on/off......Page 10 UNIX File System......Page 11 Commands......Page 13 Redirection......Page 15 Shells......Page 16 Background Processes......Page 17 Editors......Page 18 Communications......Page 20 Mail......Page 21 Letter Codes for Sequences......Page 22 Introduction......Page 25 N.C.B.I.......Page 27 E.M.B.L.......Page 32 SwissProt......Page 33 Organization of the entries......Page 35 Other Major Databases......Page 36 NCBI retrieve......Page 38 EMBL get......Page 39 Reliability......Page 40 Sequence File Formats......Page 41 FASTA......Page 51 BLAST......Page 57 BLITZ......Page 68 BLOCKS......Page 72 BLOCKS output......Page 73 Getting the Block......Page 76 Why you should routinely check your sequence......Page 79 USENET......Page 81 Web Search Engines......Page 82 File Servers......Page 83 Databases of Databases: LiMB......Page 84 The Exact Way......Page 85 Identity Blocks......Page 87 The Needleman and Wunsch Algorithm......Page 94 The Smith-Waterman Algorithm......Page 97 Testing Significance......Page 98 ``Natural" Gap Weights - Thorne, Kishino & Felsenstein......Page 101 Multiple Sequence Alignments......Page 102 Simple counts as a distance measure......Page 105 Jukes - Cantor Correction......Page 106 Kimura 2-parameter Correction......Page 107 Uneven spatial distribution of substitutions......Page 108 Amino acid distance measures......Page 110 PAM Matrices......Page 111 BLOSUM Matrices......Page 112 GONNET Matrix......Page 113 Gap Weighting......Page 114 Trees of what......Page 115 Terminology......Page 117 Distance Methods......Page 119 Parsimony Methods......Page 121 Maximum Likelihood methods......Page 123 Method of Invariants......Page 124 Quartet Methods......Page 126 Warnings......Page 127 Available Packages......Page 128 PHYLIP Contents......Page 132 Information Theory......Page 145 Chargaff's Rules......Page 147 Analysis of Sequence Motifs......Page 149 Information Content of Sequence Motifs......Page 151 Searching for Sequence Motifs......Page 153 Open Reading Frames......Page 155 Software......Page 156 Codon Usage......Page 159 Codon Pattern by Position......Page 160 Synonymous Codon Choices and Codon Bias......Page 163 Synonymous Codon Bias and the Divergence Rate of Genes......Page 169